Algunas cosas que a su vez pueden considerarse una defensa del modo de proceder del Papa pero que no descartan esa teoría de que el Vaticano estaba más alineado con la Alemania nazi que como miembro de países neutrales.
Ojo el tema fue cosa de Pio XII probablemente Pio XI hubiera actuado de otra forma la encíclica que ha citado:
Mit Brennender sorge (Con ardiente preocupación) fue cosa de Pio XI que veía como el asunto se escapaba de las manos.
Hitler buscaba la firma de un Concordato que consiguió tras las negociaciones con el que sería Pio XII.
Es cierto que tanto Pio XI como su sucesor Pio XII se encontraron con una situación que les superaba, no les gustaba el nazismo pero no condenaron con suficiente energía las actitudes nazis. Pio XII condenó los maltratos a los judíos pero no lo hizo con el creciente antisemitismo existente en Alemania, a este mismo Papa le preocupaba que sucediera en España lo que estaba pasando en Alemania, que España se nazificara podría suponer un serio problema.
Tras la firma del convenio de colaboración espiritual y cultural entre España y Alemania en Burgos el 24-01-39 hubo una serie de misivas entre España y el Vaticano, en el Vaticano no gustó la firma de ese convenio porque se temía que a través de él "se propagasen las ideas paganas del nacionalsocialismo en un pàís tan católico como España" eso podría ocurrir si se llevaba a cabo el intercambio de estudiantes y profesores entre ambos países.
Pio XII en una entrevista con el embajador de España en el Vaticano se quejó de que en España no se hubiera dado lectura a las encíclica contra los excesos nazis.
La situación hizo que el gobierno español no ratificara el convenio citado lo que no evitó que en cierto modo los intercambios culturales y de propaganda nazi, aunque a menor escala de lo que hubiera sido de haberse firmado el convenio, se llevasen a cabo.
En cuanto a con quien estuvo el Vaticano me remito a las actividades de ciertos miembros de la iglesia Vaticana que a finales de la guerra ayudaron a que responsables del genocidio y crímenes de guerra nazis huyeran de Europa vía el Vaticano hacia otros países por ejemplo Argentina.
Busca por Alois Hudel y si no lo conoces o sabes sobre ello verás cosas reveladoras.
Para terminar como calificarías, en cuanto a cuales consideraba sus aliados a quien pudiendo negociar e incluso puede que evitar sobre el holocausto Judio o la matanza de las Fosas Ardeatinas y presuntamente o no miró hacia otro lado.
El Papa tiene un poder enorme de hecho hubo situaciones de crisis mundial que se pudieron esquivar gracias a su influencia, algo más de lo que hizo pudo haberlo hecho si hubiera actuado de otro modo.
Por cierto del poder de los papas se puede constatar cuando Felipe V de Francia se empeñó en dominar la iglesia e hizo que la sede del Papa dejase de ser Roma para trasladarla a Aviñón. Este rey francés fue el perpetrador de la muerte de los Templarios para quedarse con todos sus bienes y todo ello con la "bendición" del Papa de turno, ¿te suena esa actitud con respecto al nazismo?
Insisto si temes algo defiéndete contra ello pero no apoyes a algo que consideras igual de malo, los radicalismos igual que los extremismos radicales o integrales son siempre peligrosos sean del tipo que sean, políticos, religiosos ...etc.
Doy por acabada mi intervención en este tópico porque al respecto tengo mi opinión y nadie me va a bajar de "mi caballo" del mismo modo que se que si alguien tiene otra no voy a adelantar nada, creo que lo que he aportado es más que suficiente para establecer hasta que punto en el Vaticano y de forma velada se apoyó la causa nazi, la diplomacia es compleja y a veces muy oscura
.... no me lo creo. 
