Entre en 1859 y 1870 el Ejercito Pontificio participo en varias campañas alternando algunas victorias con varias derrotas decisivas, como la de las batallas Perugia, Spoleto, Castelfidardo y Ancona, que significaron la perdida de la región de las Marcas, Umbria y Sabina. Los Estados papales quedaron reducidos al Lacio.
En 1867 el ejército papal contaba con 13,000 hombres (con doce cañones y novecientos caballos), bajo el mando del general De Courten. Dos tercios de los soldados eran italianos, mientras que el otro tercio estaba compuesto por Zuavos, los famosos zuavos pontificios.
Este pequeño ejercito, con apoyo de una fuerza expedicionaria francesa se las arreglo no solo para mantener el orden interno sino para infringirle a los "camisas rojas" de Garibaldi una seria derrota en la batalla de Mentana (3 de noviembre de 1867).
Pero los días del Estado Pontificios estaban contados. El inicio de la Guerra Franco Prusiana supuso la retirada de casi todo el apoyo militar francés, con que el pequeño ejercito papal, en que el militaban cerca de 5,324 voluntarios extranjeros, se desplegó para resistir cualquier avance de las fuerzas de Garibaldi, pero con ordenes precisas que si atacaba el ejercito sardo debían replegarse a Roma.
25 de abril de 1870, Pio IX bendice las tropas antes que se desplieguen en defensa de lo que queda de los Estados Pontificios.
Entre los voluntarios extranjeros había miembros de varias familias nobles de Italia y de Europa, como el príncipe Pietro Aldobrandini, el principie Paulo Borghese, el príncipe Francesco Maria Ruspoli, el príncipe Victor Odescalchi, el príncipe Carlos Chigi Albani della Rovere, y el príncipe Alfonso de Borbón-Dos Sicilias hermano del ex Rey de las Dos Sicilias.
El 12 de septiembre de 1870 se inicio el canto del cisne para los Estados Pontificios. El Ejercito de Saboya, comandadas por el general Raffaele Cadorna, a esta altura el Ejercito del Reino de Italia, avanzo por tres puntos y para el 15 de septiembre ya estaban frente a los muros de la ciudad Eterna. Cardona mando una carta al general Hermann Kanzler, comandante en jefe del ejercito papal intimandole a rendir la ciudad. Kanzler le respondió que resistiría, pero ya el Papa Pio IX se daba cuenta que no habia que hacer, y el 19 de septiembre le entrego entregó una orden escrita al general Kanzler en la que, después de elogiar la disciplina y el valor de las fuerzas en defensa de la Santa Sede, declaró:
«[...] En cuanto a la duración de la defensa, sigue siendo mi deber ordenar que esto solo consista en una protesta diseñada para ser testigo de la violencia que se nos ha infligido; en otras palabras, que las negociaciones de entrega están abiertas tan pronto como se haya producido una invasión a la ciudad.
Roma aun conservaba las poderosas e imponentes murallas construidas por el emperador Aureliano, reforzadas y reparadas por Constantino, Belisario y los demás Papas en épocas posteriores, pero la guarnición no podía cubrir todo el perímetro de mas 13 kilómetros. Cardona lo sabia y ordenó concentrar el ataque en el sector de la Porta Pía, cerca del barrio de Castro Pretorio (donde en tiempos imperiales estaban los cuarteles de la Guardia Pretoriana) que era el menos defendido.
Mientras se traba un intenso combate en el sector de Trastevere , al sur del Vaticano, los bersaglieri abrieron una brecha justo entre la Porta Pía y la Porta Salaria.
A esa altura los mandos pontificios ya habian dado la orden de izar bandera blanca de rendición.
Las tropas italianas penetraron hasta los accesos principales del Vaticano, en donde fueron desplegadas para evitar no solo nuevos focos de eventual resistencia sino para evitar que se agrediera a los guardias suizos atendido los eventos de Perugia.
La Guardia Suiza permaneció en todo momento junto al Papa resguardando el acceso a los palacios pontificios, armados de fusiles con la bayoneta calada, pero sin municiones. Lo mismo ocurrió con la Guardia Palatina y la Guardia Noble.
Mil años de los Estados Pontificios tocaron a su fin.
Pero no la historia de la Guardia Suiza Pontificia.